直到崇祯十七年，甲申国难，北京城破，朝廷南幸，到了急需用人之际，刘肇基才被因为皇帝年幼而摄政的内阁想了起来，出任提督南京大教场，其实也是没有兵权，因为南京京营早就形同虚构，还不如北京京营。
北京京营最起码还能拉出一定的人马装装样子，常年偏安的南直隶，更是连装样子的京营都没有了。
之后又随史可法过江，守备淮河。
不过，郑恩派出千里加急，上谏朝廷，请求举国伐清的时候，刘肇基领淮河边上的三万账目兵，实际上全是空饷名额，只有万余人马，中途还出现了大量逃兵，不到万人赶到来了。
刘肇基接替升任蓟镇总兵郑鸿逵空下来的天津团练总兵之职，与百余骑兵先到大沽口，余等还在缓慢行军赶来的路上。
（ps：很尴尬，原来一直数错了，应该是郑恩、郑鸿逵、郑成功、曹友义、沈廷扬、黄得功、高杰，七位，七大帅，抱歉，(′-﹏-`；)）
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